Свою трудовую деятельность Елена Валерьевна начала в 1993 году в Вологодском городском народном суде, занимая должности машинистки, секретаря судебного заседания, а затем помощника судьи.
Несколько лет Елена Валерьевна работала юрисконсультом в ЗАО «Горстройзаказчик», вернувшись в судебную систему (в Вологодский городской суд) в 2010 году.
С февраля 2012 года Е.В. Малышева трудилась секретарем судебного заседания Вологодского областного суда, с февраля 2013 год - является помощником судьи Вологодского областного суда.