Евгений Тимофеевич начал свою трудовую деятельность в 1970 году в органах внутренних дел в г. Вытегре. Более 10 лет служил в разных должностях: милиционер, участковый инспектор милиции, госавтоинспектор.
С сентября 1980 года Е.Т. Мокотов работал судьей. Сначала в Вытегорском районном народном суде. Указом Президента Российской Федерации от 22.11.1994 № 2103 Евгений Тимофеевич был назначен судьей Вологодского областного суда, где проработал более 18 лет.
Проработав в должности судьи более 30 лет, Евгений Тимофеевич вышел на заслуженный отдых в 2012 году.