Военный трибунал Вологодского гарнизона был сформирован в 1961 году. Вологодский гарнизонный военный суд является преемником военного трибунала, свое настоящее наименование суд получил в 1999 году.
В ноябре 2021 года Управлением Судебного департамента в Вологодской области совместно с Вологодским областным судом, Вологодским городским судом организованы и проведены семинары с председателями и администраторами районных судов Вологодской области.
Согласно ст. 6 Федерального закона от 14 марта 2002 г. № 30-ФЗ «Об органах судейского сообщества в Российской Федерации» Всероссийский съезд судей (далее также - съезд) является высшим органом судейского сообщества.